En 1355, la Bastide est incendiée par le Prince de Galles surnommée le Prince Noir. Reconstruite sur une superficie plus petite, elle s'entoure d'un rempart.
En 1590, lors des guerres de religions, la Cité, au contraire de la Bastide, ne reconnait pas Henri IV comme roi de France car il était huguenot. Un violent conflit divise la ville pendant plusieurs mois.
Après le traité des Pyrénées (1659), la Cité perd son rôle de poste frontalier et sa prééminence. La production de draps en laine, attestée dès le XIVe siècle, devient l'activité principale.
En 1780, l'effondrement du marché entraîne le déclin de cette industrie dans la ville.
Ce n'est que sous la IIIe République que la ville retrouve son dynamisme économique grâce à la viticulture et au industries.
Au XIXe siècle, la Cité utilisée comme carrière de pierres est sauvée par l'érudit carcassonnais, Jean-Pierre Crosmayrevieille puis restaurée par l'architecte Eugène Viollet-le-Duc. La vie culturelle carcassonnaise y est très riche au cours de ce siècle et le suivant : y brillent notamment les compositeurs Paul Lacombe, Déodat de Severac ainsi que les écrivains Joe Bousquet et René Nelli.
Aujourd'hui, CARCASSONNE, dont la Cité et le Canal du Midi sont classés au Patrimoine Mondial de l'Humanité, bénéficie d'une renommée internationale.