Au XIIIe siècle, face à l'hérésie cathare, le Pape Innocent III déclenche la Croisade contre les Albigeois.
Le comte Simon de Montfort à la tête de l'armée des Croisés vient combattre l'hérésie. Il assiège la cité qui est prise en 1209 et fait prisonnier Raymond Trencavel, vicomte de Carcassonne.
Donnée en 1226 au roi de France, elle devient siège d'une Sénéchaussée.
Saint Louis la transforme en forteresse royale, tête d'un dispositif défensif de la frontière franco-espagnole. En 1240, Raymond II Trencavel tente, sans succès, de la reprendre.
Le 21 Janvier 1247, après la soumission des Trencavel, Saint Louis ordonne que les habitants du Bourg soient relogés sur la rive gauche du fleuve au sein d'une bastide bâtie selon un plan en damier.
